El Instituto Español de Lisboa se creó por Orden Ministerial de 12 de septiembre de 1932 (Gaceta de Madrid de 21-9-32), a propuesta del Ministerio de Estado, ubicándose provisionalmente en la Casa de España, compartiendo locales con el Consulado y la Cámara de Comercio, en Rua do Salitre nº 1, siendo su primer Director el profesor Don José Hernández Almendros.

En 1933, según la Orden nº 251 del Ministerio de Estado, se conceda al Instituto la denominación “Hermenegildo Giner de los Ríos”, de acuerdo con el deseo de los españoles residentes en la ciudad, las entidades nacionales más representativas y el propósito del Embajador de España.

A finales del curso 1935/36 se produce la unificación de la dirección del Instituto y de las Escuelas de Enseñanza Primaria dependientes del Estado Español que venían funcionando años atrás, estableciéndose en el nuevo local, ubicado en la Rua Mousinho da Silveira nº 5.

Después de alcanzar cierto protagonismo en la sociedad portuguesas, con participación en emisiones organizadas regularmente por la Radio Nacional Portuguesa “La Hora Española” ,el Instituto atraviesa su más grave crisis la comunicarse al final de curso 1953/54 su desaparición que quedará sin efecto posteriormente.

El Instituto funciona estos años en los locales habilitados en la Rua Actor Tasso y atraviesa diversas dificultades que desembocan en el retraso del inicio del curso escolar 1975/76 y el traslado a su actual sede en Rua Direita do Dafundo, nº 40, en el palacio “Quinta de Sao João do Rio”, monumento histórico artístico portugués cuya construcción se reseña en una de las lápidas colocada a la entrada y que dice “Reinando el Rei Nosso Snor do Joao 4 se fes esta obra por mandado do conde de Cantanhede dos seus consos do estado e veedor de sua fzda no anno 1649”.

En el año 1993 se construyó un nuevo pabellón, actualmente llamado Edificio nuevo, que se completó con dos aulas en el 1999/2000, al igual que la remodelación de patios y mejora general de las instalaciones.
Desde sus comienzos dispuso de una nutrida Biblioteca que se fue enriqueciendo paulatinamente con importantes donaciones privadas, entre las que se encuentran el libro más antiguo de sus fondos, impreso en 1789.
Por el Instituto Español han pasado notables personalidades bien para el ejercicio de la enseñanza como Don Manuel A. Ivot León, catedrático de Historia y eminente americanista, o, Don Eugenio Montes, catedrático de Literatura y prestigioso poeta, otros para participar en diversas actividades, como Gerardo Diego que en varios cursos pronunció conferencias.
Especial atención se prestó también a la enseñanza del portugués, a la que se deben las numerosas e importantes obras de dicha lengua que se encuentran en la Biblioteca y también el que se contase como profesor de dicha lengua con personalidades conocidas como la del ilustre historiador de la literatura que fue Fidelino Figueiredo que fue profesor del Instituto.